Академія Ніндзя- тренівальний заклад для молодих ніндзя, які ще не досягли рівня Ґенін. Викладачами академії були Ірука Уміно та Мізукі( згодом Мізукі потрапив у в’язницю, намагаючись викрасти Сувій Гокаґе). Класи є великими і поступово піднімаються вгору по східцях. У них вивчається теорія, а також проходять екзамени. Парти розставлені так, що вчитель бачить кожного учня. Великі вікна дозволяють проиникати сонячному промінню, що служить освітленням. Прктичні заняття учні проходять на вулиці поблиу Академії, де є для цього спеціальні площадки. Академія Ніндзя, а також Гора Гокаґе, є місцями, де розпочинається історія про Наруто.